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由于环氧乙烷对人易燃，易爆且有毒，因此必须在密闭的环氧乙烷灭菌器中进行。
当前使用许多类型的环氧乙烷灭菌器。大容器有几十立方米，中容器有1-10立方米，小容器有十分之几到1立方米。它们有不同的用途。
大型环氧乙烷灭菌器：
通常用于大量加工物品的灭菌。用量为0.8kg /m1.2kg /m，在55℃60℃下工作6小时。
中型环氧乙烷灭菌器：
通常用于一次性医疗用品的灭菌。该灭菌设备是完整且高度自动化的。可以使用纯环氧乙烷或环氧乙烷与二氧化碳的混合物。通常，灭菌条件为：浓度800 mg/L1000mg/L，温度55℃60℃，相对湿度60％80％，作用时间6 h。灭菌完成后需要抽真空。消毒过的物品通常密封在可渗透环氧乙烷的塑料薄膜中。如果在小包装上有可以过滤空气的滤膜，则杀菌效果更好。
小型环氧乙烷灭菌器主要用于医疗和卫生部门，以处理少量医疗设备和用品。当前，存在100％纯环氧乙烷或环氧乙烷与二氧化碳的混合物。这种类型的灭菌器具有较高的自动化程度，可以自动抽真空，添加药品，自动调节温度和相对湿度以及自动控制灭菌时间。
对中小型环氧乙烷灭菌器的要求是：
良好的耐压性和气密性能，应能够承受工作压力的1.25倍的水压试验，不变性和泄漏，可以真空高于53.3 kPa的温度；剂量准确，绝缘性能好，可以调节灭菌器的温度和相对湿度；消毒后用外部空气冲洗时，输入空气会通过高效过滤器，该过滤器可过滤≥0.3m的颗粒达到99.6％或更高；排放的残留环氧乙烷应进行无害化处理，灭菌后的残留环氧乙烷含量应小于15.2mg/m。灭菌环境中环氧乙烷的浓度应小于2mg/m。
常见的消毒器械包括以下几种：1.紫外线消毒器：利用紫外线照射杀灭细菌、病毒和其他微生物的设备，常用于空气、水和物体表面的消毒。2.蒸汽消毒器：通过高温蒸汽杀灭细菌和病毒的设备，常用于医疗器械、实验室器具..
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