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聚六亚甲基胍盐中的胍基具极强的正电性，由于各类细菌、病毒均呈负电性，所以聚六亚甲基胍盐很容易吸附细菌病毒，并破坏脂质层，从而使细菌、病毒无法分裂繁殖，丧失活性，即使细菌病毒变异也不会影响发挥灭活作用，而且微生物对聚六亚甲基胍盐不产生抗药性，它的杀菌广谱，可以杀灭金黄色葡萄球菌、沙门氏菌、弯曲杆菌、大肠杆菌O157、痢疾杆菌、白色念珠菌等多种细菌、致病真菌，其有效浓度低、作用速度快、性质稳定、易溶于水的优良性能，可在常温下使用，长期抑菌、无副作用，无腐蚀性，且无色、无嗅、无毒、不燃、不爆、使用安全。 研究显示，聚六亚甲基胍对雌雄小鼠经口LD50>5 000 mg/kg，属实际无毒级；
聚六亚甲基胍与其他常用消毒剂相比安全性非常高，作为一种环境友好型多用途新型聚合物，可用于医用消毒液、隐形眼镜护理液、个人护理品、食品、饮料和家用消毒杀菌，甚至可用作漱口水，在医用、农业、工业和日常生活中有着极其广泛的用途。
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